kernelの機能でdm-cryptというものがあります。ファイルシステムのファイル内を暗号化することができ、比較的簡単に使えます。
ファイルタイプのファイルシステムの場合はloopbackデバイスを経由してやり取りすることになります。redhat系で代表的なのは以下のパッケージで利用することができます。
cryptsetup cryptsetup-luks
cryptsetup-luksはcryptsetupをより簡単に利用することができるパッケージです。
とまぁこんな感じで久しぶりに技術ネタを書いてみました。。。